دانشکده علوم پایه در سال 1380 به پیشنهاد اعضای هیئت علمی و خواست ریاست محترم دانشگاه قم، راه اندازی شد. درحال حاضر مسئولیت خطیر ریاست دانشکده علوم پایه برعهده ی آقای دکتر حسن پهلوانی از گروه فیزیک می باشد.
در این دانشکده گروه های اموزشی فیزیک، شیمی، ریاضی، زیست شناسی، آماروعلوم کامپیوتر فعالیت می کنند.
گروه فیزیک و ریاضی دانشگاه قم در سال 1376 تاسیس گردید و 42 دانشجو در همان سال در گروه فیزیک پذیرفته شدند.
گروه علوم کامپیوتر فعالیت خود را با پذیرش 30 دانشجو در سال 1383 آغاز کرد.
گروه شیمی و زیست دانشگاه قم در سال 1387 با پذیرش 17 دانشجو کار خود را شروع کردند.
گروه آمارنیز در سال 1388 در دانشگاه قم تاسیس گردید و در همان سال 20 دانشجو در این گروه پذیرفته شدند.